分子生物學實驗的染料主要涉及到核酸染料和蛋白質染料.核酸染料主要有EB（溴化乙錠,高致癌性）,goldview,sybr green（實時定量PCR時常用染料）.這些染料可以和核酸雙鏈分子特異性結合發(fā)出強熒光而被檢測到.蛋白質染料zui常用的是考馬斯亮藍 R-250,硝酸銀.其中硝酸銀有時也用于核酸染色.
染料分為天然染料和人工染料兩種。天然染料有胭脂蟲紅、地衣素、石蕊和蘇木素等，它們多從植物體中提取得到，其成分復雜，有些至今還未搞清楚。目前主要采用人工染料，也稱煤焦油染料，多從煤焦油中提取獲得，是苯的衍生物。多數染料為帶色的有機酸或堿類，難溶于水，而易溶于有機溶劑中。為使它們易溶于水，通常制成鹽類。
染料可按其電離后染料離子所帶電荷的性質，分為酸性染料、堿性染料、中性（復合）染料和單純染料四大類。 標本干燥后即進行固定，固定的目的有三個：
1）殺死微生物，固定細胞結構。
2）保證菌體能更牢的粘附在載玻片上，防止標本被水沖洗掉。
3）改變染料對細胞的通透性，因為死的原生質比活的原生質易于染色。