PCR的原理：PCR的基本過程類似于DNA的天然復制，特異性依賴于與靶序列兩端互補的Oligo引物。整個過程由變性-退火-延伸3個基本反應步驟構(gòu)成：

1，模板DNA變性：模板或經(jīng)PCR擴增形成的DNA經(jīng)加熱至94℃左右一定時間后，雙鏈之間氫鍵斷裂，雙股螺旋解鏈，變成兩條單鏈，以便它與引物結(jié)合，為下一輪反應做準備。

2，模板DNA與引物的退火（復性）：DNA加熱變性成單鏈后，當溫度降至一定程度（55℃左右）時，引物即與模板DNA單鏈的互補序列配對結(jié)合。

3，引物的延伸（72℃）：在Taq DNA聚合酶的作用下，DNA模板上的引物以dNTP為原料，按A-T、C-G堿基配對與半保留復制原則，合成一條新的與模板DNA鏈互補的鏈。

重復上述 變性-退火-延伸 的循環(huán)過程，每一循環(huán)獲得的“半保留復制鏈”都可成為下次循環(huán)的模板。通常每完成一個循環(huán)需時為2~4min，2~3h就能將靶核酸擴增放大上億倍（30個循環(huán)時，靶產(chǎn)物數(shù)量約為10億）。（注：PCR的第1和第2個循環(huán)，并沒有短的目的片段，只是在第3個循環(huán)后才有，并且有部分雙鏈的長片段將始終伴隨整個擴增過程）