詳細(xì)介紹溫度梯度PCR和降落PCR有什么不同?
1.什么是溫度 梯度 PCR ？溫度梯度PCR是指在退火溫度不太明確時，為了找到**退火溫度，在一臺PCR儀上同時做多管PCR反應(yīng)。每一管放在儀器內(nèi)不同列或是不同行上，分別進(jìn)行PCR反應(yīng)。例如：在50℃-60℃可以分6管，分別為50，52，54，56，58，60度。在不同的管類進(jìn)行PCR反應(yīng)。PCR反應(yīng)后，經(jīng)過電泳檢測的比較，看看哪個溫度的****?？傊峭ㄟ^溫度梯度PCR反應(yīng)，來進(jìn)行退火溫度的優(yōu)化。
2.什么是降落PCR？降落PCR是在同一個 PCR 管內(nèi)進(jìn)行PCR反應(yīng)，只是每個循環(huán)的溫度不同（如每個循環(huán)降1度）。一般兼并引物多采用這種方法。降落PCR（touchdown PCR），通過設(shè)計多循環(huán)反應(yīng)的程序，以使相連循環(huán)的退火溫度越來越低。由于開始時的退火溫度選擇為高于估計的Tm值，隨著循環(huán)的進(jìn)行，退火溫度逐漸降到Tm值，并*終低于這個水平，用于確保**個引物—模板雜交事件發(fā)生在*互補的反應(yīng)物之間，即那些產(chǎn)生目的擴增產(chǎn)物的反應(yīng)物之間。盡管退火溫度*終會降到非特異雜交的Tm值，但此時目的擴增產(chǎn)物已開始幾何擴增，在剩下的循環(huán)中處于超過任何滯后（非特異）PCR產(chǎn)物的地位。由于目標(biāo)是在較早的循環(huán)中避免低Tm值配對，在TD—PCR中*好應(yīng)用熱啟動技術(shù)。設(shè)計時，退火溫度的范圍應(yīng)跨越15℃左右，從高于估計Tm值至少幾度到低于它10℃。實驗中如持續(xù)出現(xiàn)假象帶（雜帶），則是因為起始退火溫度太低，或目的擴增產(chǎn)物和非目的產(chǎn)物的Tm值相差無幾，或非目的擴增物以更高的擴增效率擴增，可把退火溫度每降低1℃所需的循環(huán)數(shù)增加到3或4。
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