實驗流程:
從細(xì)胞材料中提取 RNA→RNA 加入到含有逆轉(zhuǎn)錄酶、引物、dNTPs 的反應(yīng)體系中→退火,引物與 RNA 鏈配對→延伸,逆轉(zhuǎn)錄酶合成互補(bǔ) cDNA 鏈變性→常規(guī) PCR 反應(yīng)流程(變性、退火、延伸,如此多次循環(huán))。
RT-PCR“兩步法"與“一步法":
RT-PCR 的實驗操作分為“一步法"與“兩步法"兩種。一步法 RT-PCR 能克隆微量 mRNA 而不需構(gòu)建 cDNA 文庫(即 cDNA 合成與 PCR 反應(yīng)在同一 Buffer 及酶中進(jìn)行,一步法完成),省略了 cDNA 與 PCR 之間的過程。兩步法 RT-PCR 首先用反轉(zhuǎn)錄酶合成 cDNA,然后以 cDNA 為模板進(jìn)行 PCR,即 RNA 反轉(zhuǎn)錄與 PCR 擴(kuò)增分兩步進(jìn)行。一步法 RT-PCR 與兩步法相比快速、簡便、減少了污染機(jī)會、減少了 RNA 二級結(jié)構(gòu)、減少了 PCR 反應(yīng)的錯配率。RT-PCR 兩步法的優(yōu)勢在于存在中間產(chǎn)物 cDNA,便于保存;且第2步 PCR 只取逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)產(chǎn)物的 1/10 進(jìn)行反應(yīng),有利于 PCR 條件的調(diào)整,實驗重現(xiàn)性強(qiáng);兩步法可以在第2步 PCR 反應(yīng)體系中加入特異性引物,其靈敏度比一步法高;兩步法的實驗預(yù)算要低于一步法。但是由于兩步法包括第1鏈 cDNA 合成和隨后的 PCR 反應(yīng),容易產(chǎn)生污染問題。
實驗操作注意事項:
1、RNA 提取一定要迅速,樣本要新鮮,組織盡量在液氮中研磨;
2、 RNA 提取完馬上進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄不要拖延,新提的 RNA 很容易降解;
3、逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)過程,需建立無 RNAase 環(huán)境,以避免模板 RNA 降解;
注:
RNase 是 RNA 水解酶的統(tǒng)稱,包含 RNase A,RNase H 等,RNase A 可以水解單雙鏈 RNA,RNase H 主要水解 RNA 與 DNA 雜交雙鏈中的 RNA。