引物（Primer）在聚合作用的起始時(shí)，可以刺激合成另一種大分子，并與反應(yīng)物以共價(jià)鍵形式連接的序列。在核酸化學(xué)中，引物是一段短的單鏈RNA或DNA片段，可結(jié)合在核酸鏈上與之互補(bǔ)的區(qū)域，其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點(diǎn)，核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈。體外人工設(shè)計(jì)的引物被廣泛用于聚合酶鏈反應(yīng)、測(cè)序和探針合成等。

自然中存在有生物的DNA復(fù)制引物（RNA引物）和聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）中人工合成的引物（通常為DNA引物）。一般所說引物，指DNA引物，以下簡(jiǎn)稱引物。

上游引物：DNA分子兩端不一樣，因?yàn)楹塑账岱肿硬皇菍?duì)稱的，5'位有個(gè)磷酸，3'位是-OH就是：磷酸端和羥基端。DNA復(fù)制總是從5’端到3’端，因?yàn)镈NA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以誰(shuí)先復(fù)制誰(shuí)上游，往后的就是下游，上游下游是個(gè)相對(duì)概念，是某一個(gè)序列/堿基相對(duì)于另一個(gè)序列/堿基而言。上游引物是靠近5'端的，下游引物是靠近3‘端的。

DNA是雙鏈，兩個(gè)鏈?zhǔn)欠聪蚱叫械?，DNA聚合酶順著其中一個(gè)鏈走，這個(gè)鏈就是負(fù)鏈，另一個(gè)鏈?zhǔn)欠粗欢我欢螐?fù)制的，這個(gè)是正鏈。

正義鏈（sensestrand）是上游引物，反義鏈（antisensestrand）是下游引物，鏈的合成方向是從5‘~3’。上游引物又叫正向引物,下游引物叫反向引物，在設(shè)計(jì)引物的時(shí)候一般是以其中的一條鏈來設(shè)的,所以上游引物是與這條鏈相同的，而反向引物則要反向互補(bǔ)后才行。

上下游引物長(zhǎng)度可以不同，主要是兩條引物的Tm值要接近不然會(huì)降低擴(kuò)增效率PCR擴(kuò)增并不要求上下游引物一定要相同長(zhǎng)度。但是，如果上下游引物長(zhǎng)度相差太遠(yuǎn)，并不利于擴(kuò)增反應(yīng)的進(jìn)行。這一點(diǎn)可以從primer5.0中的引物評(píng)分可以看出來。因此，除非迫不得已，建議將兩條引物長(zhǎng)???設(shè)計(jì)的相近，這樣引物評(píng)分要高一些。也有利于擴(kuò)增反應(yīng)的進(jìn)行。